Protos cuenta con dos bodegas en el corazón de la Ribera del Duero: Peñafiel (Valladolid) y Anguix (Burgos), donde se elaboran sus afamados tintos de crianza y los envejecidos. Su otra bodega se sitúa en el corazón de la denominación de origen Rueda: La Seca (Valladolid), donde elabora los dos vinos Verdejo: el joven y el fermentado en barrica.
Protos realiza la totalidad de su vendimia de forma manual y desde la cosecha del 2001, el 50% de la producción se recoge en cajas de 20 kg que se descargan sobre mesas de selección para poder observar racimo a racimo y conseguir que solamente llegue al depósito de fermentación la uva entera y completamente sana.